最大の違いは、その「読者ターゲット」にある。『古事記』は、天武天皇が「我が国の正しい歴史を身内に伝えねば」と発起した、いわば皇室のプライベートなファミリーヒストリーだ。語り部の稗田阿礼が暗記した内容を太安万侶が書き起こしたもので、国内の結束を高めるために作られた。
対する『日本書紀』は、完全に「対外向け」の国家公式プロジェクトである。当時、隣国の中国(唐)や朝鮮半島に対して「日本は野蛮な国ではない、独自の歴史を持つ立派な大国だ」とアピールする必要があった。そのため、外国の役人が読んでも恥ずかしくないよう、当時の国際共通語であった漢文で格調高く書かれている。