清水尋也さんを語る上で欠かせないのが、4歳年上の兄であり同じく俳優として活躍する清水尚弥(しみず・なおや)さんの存在です。清水尚弥さんは映画『死んだ目をした少年』や『ある殺人、落葉のころに』などで主演を務め、インディーズ映画界を中心に高い評価を受ける実力派俳優として知られています。
前述の通り、清水尋也さんが芸能界に足を踏み入れたのは、兄・尚弥さんの主演映画の試写会に家族で訪れたことが直接のきっかけでした。当時小学6年生だった尋也さんは、兄のマネージャーから「やってみないか」と熱烈なスカウトを受け、兄の背中を追う形でレッスンをスタートさせました。
ネット上では「ライバル関係なのか」「不仲ではないのか」といった噂が飛び交うこともありますが、実際の兄弟関係は極めて良好です。インタビューでも兄へのリスペクトを隠すことなく語っており、互いの出演作をチェックし合っては刺激を受け合う、唯一無二の戦友のような絆で結ばれています。