葛西臨海公園駅は高架駅構造となっており、ホームが2階、改札口およびコンコースが1階に位置しています。改札口は1カ所のみのため、同行者との待ち合わせで迷う心配はほぼありません。改札を出ると正面がそのまま公園の中央広場へと直結しています。
バリアフリー設備も充実しており、葛西臨海公園駅の構内図を確認すると、ホーム階から改札階へは上り・下りエスカレーターに加えて大型のエレベーターが完備されています。改札外から公園エリアへ向かうアプローチも緩やかなスロープが整備されているため、ベビーカー利用のファミリーや車椅子の方も段差なく移動が可能です。
荷物預けで気になる葛西臨海公園駅のコインロッカー空き状況ですが、ロッカーは改札内コンコースと改札外（券売機横および高架下通路付近）に設置されています。交通系ICカード決済対応のタッチパネル式ロッカーが主力ですが、晴天の週末や連休中は午前10時30分前後で大型ロッカーから順に満室になる傾向が見られます。大荷物を持参する場合は、早めの時間帯に確保するか、水族館内の手荷物預かりサービスの活用を検討すると安心です。
駅構内の売店としては、改札外すぐの場所に「NewDays（ニューデイズ）」が営業しています。ドリンクやおにぎり、軽食はもちろん、レジャーシートや除菌ウェットティッシュ、日焼け止め、雨具などの行楽グッズが豊富に取り揃えられており、公園へ繰り出す前の買い出し拠点として重宝します。
