水産大学校には、水産業・海洋産業の川上から川下までを網羅する5つの専門学科が設置されています。それぞれの学科が現場密着型のエキスパート育成に特化しています。
大型実習船を使った実践教育で知られる海洋生産管理学科では、海洋生物資源の管理技術とともに、大型船を操縦する航海士免許（三級海技士・航海）の国家試験受験資格を取得できるカリキュラムが組まれています。専攻科（1年）へ進学することで、外航船や大型漁船の幹部職員への道が強固に開かれます。
一方で、生活に身近な食の安全や加工技術を追究するのが食品科学科です。水産物を中心とした食品の製造加工、保蔵技術、品質管理（HACCPなど）、バイオテクノロジーを深く学び、食品衛生管理者や食品衛生監視員の資格取得を目指せます。
このほか、船舶のエンジンや海洋エネルギーを学ぶ海洋機械工学科、養殖や海洋生態系を研究する生物生産学科、水産ビジネスや流通経済を分析する水産流通経営学科が揃い、学生各自の興味に合わせた専門技術を磨ける構成になっています。
