京都の有名寺院の多くが500円〜1,000円程度の拝観料を設定している中、東本願寺は広大な境内への立ち入りも、御影堂・阿弥陀堂内への参拝も拝観料無料です。この理由は、東本願寺が単なる観光施設ではなく、宗派に属するすべての門徒や一般の人々にとっての「根本道場（開かれた祈りの場）」であるという理念に基づいているためです。
また、寺社巡りブームの中で多くの観光客が求める「御朱印」に関して、東本願寺では御朱印の授与を行っていません。これには浄土真宗の根幹をなす教理が関係しています。
浄土真宗では、阿弥陀如来の慈悲によってすべての人がすでに救われているという「他力回向（たりきえこう）」の教えを基盤としています。そのため、自らの修行の証として納経を行ったり、現世利益を祈願してお札や朱印を受け取ったりする行為を行いません。その代わりに、東本願寺では参拝の記念として「参拝記念スタンプ」や「参拝記念牌」が境内に設置されています。
なお、東本願寺から東へ徒歩約3分の飛地境内にある渉成園（通称：枳殻邸・きこくてい）は、国の名勝に指定された池泉回遊式庭園です。石川丈山や小堀遠州が作庭に関わったとされ、四季折々の花々や歴史的茶室が点在します。庭園維持寄付金（庭園維持育成費として500円以上・ガイドブック進呈）を納めることで見学が可能です。
