ブランドの代名詞ともいえるウェルネス施設「Six Senses Spa Kyoto」は、地下フロアに広がる静穏なサンクチュアリです。トリートメントメニューは伝統的な東洋医学と西洋科学を融合させたもので、シックスセンシズ京都のスパ料金は60分コースで約3万円台前半から設定されています。
スパフロアには、宿泊者が無料で利用できる屋内温水プールが完備されています。柔らかな光が揺らめく水盤のようなプールサイドにはデイベッドが配置され、日常を完全に忘れさせる空間設計です。さらに、本格的なドライサウナ、スチームサウナ、水風呂、水中リラクゼーションが体験できるワッツ（Watsu）専用プールまで揃っています。
独自のアクティビティとして見逃せないのが「アルケミーバー（Alchemy Bar）」です。ハーブやスパイス、エッセンシャルオイルを自ら調合し、オリジナルのボディスクラブを手作りするワークショップが開催されています。また、最新のリカバリー機器や光線療法を取り入れた「バイオハックラウンジ」など、短時間で身体機能を回復させる先進技術も導入されています。
