ストロー付きボトルの構造上、もっとも注意を払うべきは内部の衛生管理です。細長いストロー内部や複雑なヒンジ部分は湿気がこもりやすく、わずか数回の使用でもバイオフィルム（菌膜）や黒カビが発生しやすい環境が整ってしまいます。
毎日の手入れ負担を減らすためには、ペットボトルストローが洗いやすく食洗機に対応している製品を選ぶことが賢明な判断です。耐熱温度が100℃以上のポリプロピレンやシリコーンゴム製パーツであれば、家庭用食洗機での高温洗浄や乾燥機能にかけることができ、家事の手間を大幅に削減できます。
手洗いを行う場合、ペットボトルストローのシリコン洗浄方法としては、専用の極細ストローブラシ（100均でも入手可能）を用いた物理的なこすり洗いに加え、週に1〜2回の酸素系漂白剤による浸け置き消毒が推奨されます。洗う手間そのものを根本からなくしたい場合は、100均のセリアなどで手に入る「市販の使い捨てストローを毎回差し替えて使うタイプ」を選択するのが、最も衛生的で理にかなったアプローチです。
