給食センター方式の導入に際して、保護者が最も懸念していたのが「食物アレルギーへの対応力」と「衛生管理」でした。ネット上の掲示板やコミュニティでは「一括調理だから個別対応ができないのではないか」という不安の声が囁かれたこともあります。
しかし、横須賀市の学校給食センターでは高度なアレルギー対応調理室が独立して設置されており、交差汚染（コンタミネーション）を徹底的に防止するシステムが構築されています。卵や乳製品などの特定原材料について、専用容器での個別配食や除去食の提供が行われ、学校側では養護教諭や担任による二重・三重の照合作業が徹底されています。
また、配送管理においても、温度管理センサーを搭載した専用配送車と高機能断熱食缶を使用することで、調理後2時間以内の喫食ルールを厳守。徹底したHACCP（ハサップ）準拠の衛生管理体制が敷かれており、自校調理方式と遜色ない安全性が担保されています。
