水耕栽培を室内でスタートさせた初心者が最初にぶつかる壁が「茎が糸のように細長く伸び、自立できずに倒れてしまう」現象です。このトマト水耕栽培徒長理由の9割以上は、絶対的な受光量不足にあります。窓辺のレースカーテン越しなど、人間の目には明るく見える環境であっても、光合成有効放射（PPFD）の観点からはトマトの生育最低ライン（約300〜500μmol/m²/s）を大幅に下回っているケースがほとんどです。
日照が十分に確保できない屋内では、トマト水耕栽培室内LEDの適切な導入が生死を分けます。観賞用のデスクライトでは光合成に必要な赤色光（波長660nm前後）や青色光（波長450nm前後）の照度が決定的に不足します。現在主流となっている高演色植物育成用LED（PPFD値が照射距離30cmで400μmol/m²/s以上を確保できるもの）を配置し、1日あたり14〜16時間の照射サイクルをタイマー管理することが徒長防止の鉄則です。
また、栽培の立ち上げ期におけるトマト水耕栽培苗からの育て方にも重要な分岐点が存在します。市販のポリポット苗をそのまま水耕へ移行させる場合、根に付着した土をバケツの水で極限まで優しく洗い落とす「根洗い」が必須工程となります。しかし、この際に細根を傷つけると病原菌が侵入し、定植直後に立ち枯れるリスクを伴います。
園芸現場でより安全策として推奨されているのが、清潔なスポンジ培地からの「種まき」、あるいは元気な親株から採取した「わき芽の水挿し発根」です。わき芽をコップの水に数日間浸しておくだけで、水環境に適応した純粋な「水根」が勢いよく再生するため、病原菌の持ち込みを完全に防ぎつつ活着率を跳ね上げることが可能です。
