被害者の体を蝕んだ主犯は、腸管出血性大腸菌O111だった。病原性が極めて高く、強力なベロ毒素を産生するこの細菌は、溶血性尿毒症症候群（HUS）や脳症などの重篤な合併症を引き起こす。幼い子どもや高齢者が標的となり、被害は一気に深刻化した。
捜査と調査が進むにつれ、深刻な構造的問題が浮き彫りになった。店舗側へ肉を納入していた食肉卸売業者と、店舗側の間で行き交っていたのは「加熱用」としての取り引き。表面を削り落とす「トリミング」作業を行わず、加熱用として流通していた肉が、そのまま細切りにされて生食用ユッケとして客のテーブルへ運ばれていた。卸側と店側の双方が責任を曖昧にし、リスクを放置した結果が、最悪の集団感染を引き起こしたのだ。
