いかに優れた成分であっても、安全性への配慮を怠ってはならない。結論から言えば、適切な用量を守る限り、PQQは極めて安全性の高い物質として知られている。
ヒトを対象とした安全性試験においても、1日あたり20mg程度の継続摂取で重篤な有害事象や重大な副作用は報告されていない。ただし、どんな栄養素も過剰に摂取すれば胃腸障害や体調不良につながる恐れがある。
過剰摂取を避け、パッケージに記載された目安量を守ることが基本だ。また、妊娠中・授乳中の方や持病により処方薬を服用している場合は、事前に主治医へ相談する姿勢が欠かせない。