事態の重層化を受け、行政トップも重い腰を上げた。新宿区長の吉住健一氏は区議会で歌舞伎町の衛生環境改善を最重要課題の一つに掲げ、夜間のゴミ出しルールの厳格化や集中駆除期間の設定を表明。区を挙げたクリーン作戦を推進している。
さらに、東京都庁もこの動きを全面的に支援する姿勢を見せる。東京都知事の小池百合子氏は記者会見等で都市環境の保全と感染症リスク対策の重要性を強調。都と区が連携し、商店街やビル管理組合が行う防鼠工事への補助金交付や、集中駆除事業への財政支援など、緊急対策パッケージの検討が進められている。