腸内細菌は単に消化を助けるだけでなく、生後直後の未熟な免疫システムを適切に教育・成熟させる司令塔の役割を果たしています。この新生児のマイクロバイオームへの影響において、特に注目されているのが善玉菌の代表格である「ビフィズス菌」の動向です。
経膣分娩で生まれた乳児の腸内では、生後数日から数週間でビフィズス菌（Bifidobacterium属）やバクテロイデス属が急激に増殖し、腸内フローラの大部分を占めるようになります。これに対して帝王切開児では、帝王切開 ビフィズス菌の定着と免疫力の発達において立ち上がりが緩やかになり、多様性の獲得に一定のタイムラグが生じることが各種の追跡調査で確認されています。
ビフィズス菌が産生する短鎖脂肪酸（酢酸や酪酸）は、腸管バリア機能を強化し、病原体の侵入を防ぐとともに、過剰な炎症反応を抑える「制御性T細胞（Treg）」の分化を促します。初期段階におけるこれら有用菌の定着スピードの差が、赤ちゃんの免疫獲得プロセスに一時的な個性を与える要因となっています。
