館内最大の目玉といえば、食事処「とれとれ横丁」で提供されるバリエーション豊かな海鮮グルメです。市場内で販売されている新鮮な刺身をその場で選び、白ご飯セット（ご飯・味噌汁）を購入してオリジナルの定食を組み立てるスタイルも人気ですが、不動の一番人気は職人がその場で作る特製丼メニューです。
現地の実食取材および来店者アンケートで常に上位を争うおすすめ海鮮丼は、脂の乗った本マグロやイクラ、ウニ、タイ、サーモンが贅沢に盛られた「特上海鮮丼」（2,000円台前半）や、マグロ好きを唸らせる「本まぐろづくし丼」です。酢飯と白米のバランス、厚切りにカットされた切り身の弾力は、港直営ならではのクオリティを誇ります。
さらに見逃せないのが、市場中央のマグロコーナーで連日開催されるマグロ解体ショーです。威勢の良い掛け声とともに、職人が一本丸ごとの巨大な国産生マグロを手際よく解体していく光景は圧巻の迫力。解体ショーの開催時間は通常1日2回〜3回（11:00頃、12:30頃、14:00頃など、当日の仕入れ状況や混雑度により変動）となっており、捌きたての赤身・中トロ・大トロブロックやすき身が即座に販売レーンへ並び、その場で買い求めることができます。
