耐震性に関しても、時折「昭和30年代の古い鉄骨だから大地震で崩壊するのではないか」という懸念が寄せられます。これに対する現場の答えは明快です。2011年3月11日の東日本大震災において、東京タワーは震度5強（港区）の激震に襲われました。その結果、最上部のアンテナ支局の先端部分が東南東へ向けて曲がる被害が発生したものの、本体トラス構造には破断や致命的な損傷が一切生じませんでした。
この事実について、建設工学の専門家やSNS上の土木系コミュニティでは「むしろ東京タワーの構造計算の正確さを証明した事象」として再評価されています。内藤多仲が採用した柔軟なトラスリベット構造は、巨大な歪みエネルギーを受け流す粘り強さを発揮しました。その後、2012年から2014年にかけてアンテナ部の取り替えと大規模な耐震リノベーションが実施され、震度7クラスの激震や大型台風の暴風雨（秒速90メートル級）にも十分耐えうる耐震安全基準が維持されています。
株式会社TOKYO TOWERが公開する維持管理指針によれば、塔体の鋼材は定期的な精密探傷検査と5年ごとの入念な全面再塗装（職人が刷毛のみで塗り重ねる伝統的手法）によって、錆による腐食を食い止めています。本体骨格の寿命は適切なメンテナンスを行えば100年以上持続するとされており、堅牢性への疑念は物理的データによって払拭されています。
