巨大企業を率いるカリスマゆえに、ネット上や週刊誌メディアでは数多くの憶測やスキャンダラスな噂が絶えません。ここ数年で特に注目を集めた疑惑や噂の真実を整理します。
第一に、「楽天グループの解体・身売り説」です。モバイル事業の巨額赤字が続いた時期、ネット証券や銀行の切り売り、さらには外資ファンドによる買収説が実しやかに囁かれました。しかし、楽天銀行の上場や楽天証券の持ち分売却、公募増資や社債発行を巧みに組み合わせた財務戦略により、グループの支配権を一切手放すことなくキャッシュフロー危機を乗り越えました。結果として、解体説は的外れな憶測であったことが証明されています。
第二に、暴露系インフルエンサーやSNS上での私生活に関する流言です。著名経済人であるがゆえに、交友関係や夜の会合に関する真偽不明の情報が拡散された時期がありました。これに対し三木谷氏は、事実無根の誹謗中傷に対して法的措置を辞さない毅然とした態度を明確にし、公式な場での堂々たる発信を継続することで、悪意ある風評被害を沈静化させました。
政財界との太いパイプや、新経済連盟（新経連）代表理事としての歯に衣着せぬ規制改革提言など、常に既成概念と戦うポジションを取るため摩擦も生じやすいものの、それこそが三木谷氏の存在感の裏返しと言えます。
