萬乃助を訪れる上で最大の関門となるのが「待ち時間」と「混雑状況」です。店舗の人気ゆえに、週末の昼時（11:30〜13:30）は常にウェイティングリストがぎっしり埋まり、待ち時間は平然と60分〜90分を超過します。
まず押さえておくべき公式の基本ルールとして、一般的な昼営業の事前予約は受け付けていません。萬乃助では、店舗の玄関前に設置された記名台（ウェイティングボード）に名前と人数を記入し、順番に呼ばれるのを待つ完全先着順システムが採用されています。
では、どうすれば長時間の待機ペナルティを最小限に抑えられるのか。現場取材と常連客の行動パターンから導き出された実践的メソッドは以下の3点です。
① 開店30分前のファーストアタック
午前の開店時間は通常11:00ですが、週末は10:20〜10:30頃から記名台が出され、すでに駐車場に待機組が現れます。第1巡目（開店と同時に店内に案内される枠）を確保できれば、着席後の配膳も早いため、トータルの拘束時間を最も短く抑えることができます。
② ピークオフ（平日13:30以降）の遅めアタック
平日に時間を調整できる場合、昼のピークが抜けた13:30〜14:00頃が狙い目です。リストの行列は大幅に緩和され、スムーズに着席できる確率が高まります。ただし注意点として、萬乃助は手打ち蕎麦の提供量が限られているため、蕎麦が売り切れ次第終了となります。あまりに遅い時間を目指すと「本日の蕎麦は完売しました」の看板に遭遇するリスクが跳ね上がるため、ギリギリの来店は避けましょう。
③ 呼び出し待ちの間の車内待機術
記名後は店頭に張り付いている必要はなく、敷地内の車内で待機することが認められています（周辺の自然を散策する人も見られます）。ただし、順番が呼ばれた際に不在だと次の方へ案内が繰り越されてしまうため、自身の順番の2〜3組前には玄関ホールの待合スペースに戻っておくのがマナーであり確実です。
