納豆菌は極めて強靭な生命力を持ち、胃酸を通過して生きたまま腸へ到達する。しかし、腸内細菌叢 (腸内フローラ)の多様性は人によって千差万別だ。急激に大量の発酵菌や難消化性食物繊維が送り込まれると、腸内環境が一時的に発酵過多となり、腹部膨満感や消化不良を引き起こす。
国際的な医学論文データベースPubMedに蓄積された数多くの研究が示すように、腸と皮膚は「腸皮軸（Gut-Skin Axis）」と呼ばれるネットワークで密接につながっている。腸内のバランスが崩れて未消化物が停滞すれば、バリア機能が低下した腸壁から微小な毒素が血流へ漏れ出し、皮膚の炎症性皮疹として噴出する。
付属のタレに含まれる果糖ブドウ糖液糖や化学調味料も見落とせない。急激な血糖値スパイクはインスリン様成長因子1（IGF-1）を分泌させ、皮脂腺を直接刺激する。美肌のために選んだ納豆のタレが、知らぬ間にニキビの燃料を投下している可能性もある。
