沼津港深海水族館が国内外のメディアや研究者から熱い視線を浴び続ける最大の理由は、圧倒的な希少価値を誇るシーラカンス冷凍標本の存在です。現在、ワシントン条約で国際取引が厳しく制限されているシーラカンスですが、同館では1981年にアフリカ・コモロ諸島で捕獲された個体を正式な学術ルートで取得。マイナス20度の特殊冷凍展示ケース内に納められた2体の冷凍標本は、ガラス越しに皮膚の質感や鰭（ひれ）の立体的な構造を生々しく今に伝えています。加えて3体の剥製標本も常設され、計5体ものシーラカンスが一堂に会する光景は世界でもここ沼津でしか目撃できません。
もう一つの主役が、独特のフォルムと愛嬌でカルト的人気を誇るダイオウグソクムシ展示です。水深数百メートルの暗黒世界に棲む「深海の掃除屋」たちが水槽の底でじっと佇む姿は、生命維持の神秘と進化の不思議をまざまざと見せつけます。
さらに来館者の心を掴んで離さないのが、極めて繊細で飼育難易度が極めて高いメンダコ生体展示です。パラシュートのような愛らしい泳ぎ姿で知られるメンダコですが、光や水質変化に弱く長期飼育が世界的に困難とされています。駿河湾の深海トロール漁船と強固な連携を結ぶ沼津港深海水族館だからこそ実現できる奇跡の展示であり、状態の良い個体が搬入された時期には館内が大きな熱気に包まれます。
