賀茂御祖神社が「最強の縁結びスポット」として圧倒的な支持を集める背景には、御祭神・玉依姫命の神話が深く関わっています。玉依姫命が瀬見の小川で禊（みそぎ）を行っていた際、川上から流れてきた丹塗矢（にぬりのや＝乙訓神社の火雷神の化身）を床に置いたところ、神童（賀茂別雷命）を身ごもったという伝説です。
この神話から、予期せぬ奇跡的な出逢いを引き寄せ、新たな命や実りを育む力として、賀茂御祖神社のご利益は「縁結び・安産・子育て」の最高峰と位置づけられるようになりました。
楼門の手前に鎮座する摂社「相生社（あいおいのやしろ）」の傍らには、2本の木が途中から1本に結ばれ、根元からは子供の木が芽吹いている「連理の賢木（れんりのさかき）」があります。この御神木は京の七不思議の一つに数えられ、縁結び成就の象徴として参拝者の行列が絶えません。
さらに、表参道の南端に位置する摂社「河合神社（かわいじんじゃ）」は、女性の守護神として知られます。玉依姫命の類まれなる美しさと玉のような若々しさに肖る「美人祈願」が有名で、自身の手持ちの化粧品を使ってメイクを施し奉納する「鏡絵馬」は、内面と外面の双方を磨く自己対話の儀礼として広く定着しています。
