外見の類似性を科学的に突き詰める上で、集団遺伝学・分子人類学のアプローチは欠かせません。現代人のルーツを辿る「Y染色体ハプログループ(父系遺伝子)」および「ミトコンドリアDNA(母系遺伝子)」の解析から、客観的な事実が浮き彫りになっています。
結論から言えば、キルギス人と日本人は「完全に同一の民族」ではありませんが、ユーラシア大陸東部〜中央部において共通の古モンゴロイド・新モンゴロイドの混交プロセスを共有しています。
キルギス人の父系遺伝子の約50〜60%を占めるのはハプログループR1aであり、これは元来インド・ヨーロッパ語族系のステップ遊牧民に多く見られる系統です。しかし、母系ミトコンドリアDNAや常染色体ゲノム解析を見ると、キルギス人の約60〜70%に東ユーラシア起源のモンゴロイド遺伝子が色濃く受け継がれています。一方、日本人は古層の縄文系(D1a2a)と渡来系の弥生系(O1b2・O2)が高度に融合した独自の集団です。
氷河期にシベリアから東アジア・中央アジアにかけて広がった古モンゴロイドの集団が、数万年の時を経て天山山脈の高原と日本列島に分かれたという壮大な人類移動史が、現在の「顔立ちの類似」として可視化されているのです。