初期の勢いにもかかわらず、統一的な軍事戦略の欠如や宗教・地域間の利害対立、そしてイギリス本国からの増援部隊の投入により、反乱は1858年中盤以降、各地で徹底的に鎮圧されていきました。
デリー陥落後、精神的指導者であったバハードゥル・シャー2世は捕縛され、ビルマ（現ミャンマー）のヤンゴンへ追放。皇子たちは処刑され、1526年のバーブル以来330年以上続いた名門ムガル帝国は名実ともに滅亡の運命を辿りました。
さらにイギリス側にとっても、この大反乱は統治システムの根本的見直しを迫る痛烈な打撃となりました。営利追求を目的とする一民間企業であるイギリス東インド会社に広大な領土と軍隊の管理を任せておく体制は、もはや統治能力の限界を超えており、安全保障上の致命的リスクであると本国議会が判断したためです。1858年、イギリス政府は会社から統治権を完全に剥奪し、1874年には東インド会社そのものを正式に解散へと追い込みました。
