内廷費の使途として最も特殊なのが、古代から受け継がれる宮中祭祀（新嘗祭や宮中三殿での祈私）の費用だ。日本国憲法が定める「政教分離原則」に基づき、宗教的色彩を持つこれらの儀式に公金である宮廷費を投じることは認められていない。結果として、莫大な装束代や供物の費用、神殿の維持管理に関わる一部の経費は、天皇陛下の私費である内廷費から支払われる。
所得税法上、皇室経済法に基づいて交付される内廷費や皇族費は非課税所得として扱われる。一見すると絶大な税制上の優遇措置に見えるが、祭祀の継承や私的職員の雇用といった公私曖昧な義務的支出を自腹で賄わなければならない構造がセットになっている。一般的な高所得者のような「私的蓄財」に回せる余裕は極めて少ないのが現実だ。
