健康被害を懸念する声のなかには、甘味料そのものの糖質リスクだけでなく、原料の生産背景に対する不安も含まれています。日本で消費される異性化糖の原料トウモロコシの多くは、アメリカなどからの輸入に依存しています。その大半が害虫耐性や除草剤耐性を持つ遺伝子組み換え（GMO）作物です。
日本の食品表示法では、精製過程で遺伝子やタンパク質が分解・除去される油や異性化糖については、「遺伝子組み換え」の義務表示が免除されています。そのため、消費者が原材料欄を見ただけでは遺伝子組み換え作物が使われているかどうかを判別できません。安全性審査は通過しているものの、残留農薬や長期的摂取の影響を懸念する消費者にとっては懸念材料の一つとなっています。
一方で、「人工甘味料（アスパルテーム、スクラロース、アセスルファムKなど）」との混同も目立ちます。人工甘味料は化学合成されたカロリーゼロまたは極低カロリーの甘味料であり、腸内環境への影響や味覚の鈍化が議論されています。対してブドウ糖果糖液糖は、しっかりカロリーと糖質が存在する天然由来の糖です。人工甘味料のような「カロリーゼロの罠」とは異なり、「高カロリー・高吸収による代謝負荷」が直撃する点に違いがあります。
