日常会話ではひとまとめに「甘いもの」と認識されがちですが、果糖ぶどう糖液糖と一般的な砂糖（上白糖やグラニュー糖）には、原材料から分子構造に至るまで決定的な違いが存在します。
まず、砂糖の主成分である「ショ糖（スクロース）」は、サトウキビや甜菜（てんさい）から抽出され、ブドウ糖（グルコース）と果糖（フルクトース）が1対1で化学結合しています。体内に取り込まれると、消化酵素（スクラーゼ）によって結合が切り離されてから吸収されるため、一定の分解ステップを踏むことになります。
これに対し、果糖ぶどう糖液糖はとうもろこし（コーンスターチ）やジャガイモなどのデンプンを原料としています。酵素の力でデンプンをブドウ糖に分解し、さらにその一部を果糖へと化学的に変換（異性化）させたもので、正式には「異性化糖（高フルクトース・コーンシロップ＝HFCS）」と呼ばれます。最大の特徴は、果糖とブドウ糖が最初から結合しておらず、遊離した状態でバラバラに混ざり合っている点です。消化酵素による分解を待つことなく、ダイレクトに体内へ吸収されます。
なお、日本農林規格（JAS）では、果糖の含有割合によって以下のように明確に分類されています。
【異性化糖の主な分類】
・ぶどう糖果糖液糖：果糖の割合が50％未満のもの
・果糖ぶどう糖液糖：果糖の割合が50％以上90％未満のもの（最も流通量が多い）
・高果糖液糖：果糖の割合が90％以上のもの
・砂糖混合異性化液糖：上記の異性化糖に砂糖を配合したもの
