デザインの好悪だけでなく、実害を伴うシステムトラブルの報告も相次いでいる。現在確認されている主な不具合は、アプリ起動時の強制終了（クラッシュ）、未読バッジのカウント不一致、そしてプッシュ通知がリアルタイムで届かない通知遅延だ。
起動直後にアプリが落ちる現象に対しては、デバイスの再起動に加え、LINE内のキャッシュデータ削除が極めて有効に働く。設定の「トーク」＞「データの削除」からキャッシュのみを消去すれば、大切なトーク履歴を失うことなく動作の軽量化が図れる。また、省電力モードがバックグラウンド通信を遮断しているケースも多いため、バッテリー最適化の対象からLINEを除外する設定も見逃せない。
