物語の発端は、十二年に一度開催される殺し合いの祭典「第十二回十二大戦」の前提が根底から覆された点にあります。前作で凄惨な殺し合いを演じ、次々と命を落としていったはずの子・丑・寅・卯・辰・巳・午・未・申・酉・戌・亥の十二戦士。彼らが全員健在の状態で、突如として現れた謎の武装集団「十二星座犯行同盟」と対峙することになります。
十二星座犯行同盟は、十二大戦という代理戦争ビジネスそのものを私物化し、世界を裏から牛耳る審判員や統括組織を破壊するために結成された凶悪なテロリスト同盟です。彼らは干支の戦士たちを「戦犯」と断じ、大戦の舞台となる無人都市へと乱入。ルール無用の全面戦争を仕掛けてきます。
なぜ死んだはずの戦士たちが生きているのか。その最大のからくりは、子の戦士・寝住（墨野継義）の異能にありました。100通りの分岐を同時に試行・検証できる「ねずみサン（ハンドレッド・クリック）」。前作において、寝住はこの能力を使って「自分が生き残るたった1つの未来」を選び取って優勝しました。しかし、血で血を洗う戦いに心底絶望していた彼は、「誰も死なないルート」「戦いそのものを回避するルート」を模索し、能力を限界まで使い倒しました。その結果、本来存在し得ない「101番目の分岐世界」が歪みとして生み出されてしまったのです。
