これほど莫大な寄付金が集まるとなれば、その使い道や管理体制に対する関心も高い。集まった寄付金は、番組を制作する局の直接収入になるわけではない。独立した公益社団法人24時間テレビチャリティー委員会によって厳格に管理・運用されている。
寄付金は主に3つの柱に分配される。第1に「福祉支援」であり、全国の社会福祉施設や団体へ車いす送迎車（福祉車両）を寄贈する事業だ。街中で見かける黄色いリフト付きバスは、まさにこの募金から生まれている。第2に「環境保全活動」、そして第3に「災害緊急支援」である。制作費や運営経費に寄付金が流用されることはなく、経費はスポンサー協賛金などで賄われている。近年では第三者監査の導入や決算報告のWeb公開が進み、お金の流れの透明化がより徹底されている。
