「最高指揮官」をめぐっては、防衛大臣や統合幕僚長、あるいは天皇陛下と混同されるケースが少なくありません。それぞれの役割と指揮命令系統における位置づけを整理すると、その権能の違いが鮮明になります。
まず自衛隊最高指揮官と天皇の関係についてです。戦前の大日本帝国憲法下では天皇が軍の最高統帥者でしたが、日本国憲法下における天皇は「日本国の象徴であり日本国民統合の象徴」であり、国政に関する権能を有しないと明記されています（憲法第4条）。したがって、天皇が自衛隊の指揮権を持つことは一切ありません。
次に防衛大臣の役割です。自衛隊法第8条に基づき、防衛大臣は総理大臣の指揮監督を受け、自衛隊の隊務全般を統括・管理します。内閣総理大臣が「国家全体の最高意思決定者」であるのに対し、防衛大臣はその方針を受けて現場組織へ具体的な命令を下す「実務上の統括責任者」という位置づけです。
そして、自衛官の自衛隊階級序列における頂点に君臨するのが統合幕僚長（制服組トップ）です。陸上幕僚長・海上幕僚長・航空幕僚長を束ねる統合幕僚長は、軍事のプロフェッショナルとして防衛大臣を補佐し、大臣の命令を各部隊へ正確な作戦命令として伝達・執行する役割を担います。政治家である総理大臣や防衛大臣（文民）と、専門職である統合幕僚長（制服組）の間には明確な上下関係が存在します。
