すべてのゲームが同じ方法で移行できるわけではありません。ここに大きな落とし穴があります。特に『あつまれ どうぶつの森』は、島全体のデータを移行するために、ニンテンドーeショップから無料の「『あつまれ どうぶつの森』島移行サービス」という専用ソフトを両方の本体にダウンロードしなければなりません。通常の引っ越し処理だけでは、せっかく作り込んだ島が消えてしまいます。
また、『ポケットモンスター』シリーズ（『スカーレット・バイオレット』など）や『スプラトゥーン』の一部データは、任天堂の有料サービス「Nintendo Switch Online」の「セーブデータお預かり（クラウドバックアップ）」に対応していません。これらのタイトルは、ローカル通信を使った本体同士の直接転送が必須となります。クラウドにバックアップしてあるから大丈夫、という過信は禁物です。
