体内に入ったコーヒー成分は、肝臓で代謝され腎臓を通じて排泄されます。主要な内臓に対してどのような影響を及ぼしているのか、正しい解剖学的・生理学的理解が必要です。
意外に知られていないのが、肝臓に対するポジティブな作用です。多数の臨床研究において、コーヒーに含まれるポリフェノールの一種「クロロゲン酸」やカフェインの代謝産物が、肝臓の脂肪蓄積を抑え、肝線維化や非アルコール性脂肪性肝疾患（NAFLD）のリスクを低減させることが報告されています。肝機能検査の指標であるASTやALTの数値を安定させる傾向も確認されており、肝臓にとっては「保護的に働く」場面が多いのです。
一方、腎臓への影響については慎重な見極めが求められます。カフェインの利尿作用によって一時的に尿量が増加しますが、健康な腎臓を持つ人であれば水分補給を怠らない限り深刻な悪影響はありません。ただし、コーヒーに含まれる微量のシュウ酸は、体質的に尿路結石を形成しやすい人にとってリスク因子となり得るため、十分な水分摂取やカルシウムとの同時摂取が推奨されます。
身体へのダメージを決定的に左右するのが「摂取のタイミング」です。特に空腹時のコーヒー飲用は、胃の中に食べ物というクッションがないため、分泌された胃酸が胃粘膜をダイレクトに攻撃します。さらに、血糖値を調節するコルチゾールの分泌リズムを乱し、急激な血糖値スパイクを誘発する恐れがあります。
また、睡眠の質の低下も看過できない健康リスクです。カフェインの体内半減期はおよそ5〜7時間に及びます。就寝の直前だけでなく、夕方16時以降に摂取したカフェインであっても、深いノンレム睡眠（徐波睡眠）の時間を大幅に削り取ることが確認されています。「寝つきは良いから大丈夫」と感じていても、脳と身体の深部疲労が取れていない「隠れ睡眠障害」の原因になります。
