「漢方薬は天然由来だから副作用がなくて安全」という誤解はいまだ根強いが、葛根湯にも明確な注意事項が存在する。主成分の一つである麻黄にはエフェドリンが含まれており、交感神経を刺激する作用がある。そのため、高血圧、心臓病、甲状腺機能障害の持病がある人や、高齢者は動悸や血圧上昇に注意が必要だ。
また、甘草に含まれるグリチルリチンによる偽アルドステロン症（むくみ、血圧上昇、手足のしびれなど）のリスクも無視できない。一般社団法人日本東洋医学会などの専門機関も、他の漢方薬や風邪薬との併用による成分の重複について継続的な注意喚起を行っている。胃腸が著しく弱い人や、普段から汗をかきやすい体質の人は、かえって体力を消耗するリスクがあるため慎重な判断が求められる。
