どれほど強力なメガゲンガーであっても、明確な対策を用意しなければ返り討ちに遭います。最大の弱点は、先制攻撃技と上からの物理高火力打点です。
■ 対策ポケモンの筆頭
1. 悪タイプ・先制技持ち（バンギラス、キリキザンなど）
「ふいうち」や「かみくだく」でメガゲンガーの耐久の薄さを一突きます。特に悪タイプはゴースト技を半減以下に抑えるため強い圧力をかけられます。
2. こだわりスカーフ持ちの高速アタッカー
S200を上回る素早さから地面・エスパー・ゴースト技を打ち込めるスカーフ持ちは、メガゲンガー側にとって最大の脅威となります。
