タコツボキャニオンの探索における2大収集要素が「ミステリーファイル」と「イリコニウム」です。これらはステージ内の目立たない場所や、難度の高いギミックの先に隠されています。
ミステリーファイル（全27個＋各エリア5個）は、かつての大ナワバリバトルの歴史や登場人物たちの私生活、シオカラーズの失踪劇の真相を明かす重要アイテムです。多くのステージでは、敵の増援を全滅させると出現する木箱、あるいはインクで塗れる壁の裏側、ジャンプポイントの逆走ルートなどに仕込まれています。
一方、イリコニウム（全22個）はブキや装備のアップグレードに不可欠なレア素材です。各通常ステージに原則1個ずつ（一部エリアの拠点マップ上にも隠蔽）配置されており、見落としやすいポイントには共通の傾向があります。
- 木箱の破壊：不自然に孤立した強化木箱や、アーマーが入っていそうな大型木箱の中に隠されている。
- バルーンの全破壊：出現させた風船を制限時間内に追いかけて割り切ると手に入るパターン。
- 構造物の真下・裏側：カメラを回転させないと見えない足場の底面や、金網をイカ状態で落下した中間層。
