写真家としての地位を確立した後、杉本が本格的に乗り出したのが建築の世界です。2008年、建築家の榊田倫之（さかきだ ともゆき）氏と共に設立した建築設計事務所が「新素材研究所」です。
その名に反して、同研究所が掲げる基本理念は「旧素材こそ最も新しい」という逆説的なマニフェストです。現代の新建材や工業製品を極力排し、古代の石材、樹齢数千年の屋久杉、漆喰、和紙、職人の手による伝統工法を現代的なプロポーションで再構築します。
静岡県熱海市の「MOA美術館」改修プロジェクトでは、人間国宝による黒漆塗りの扉や行灯をモチーフにした照明設計、行雲流水を思わせる空間構成を導入し、日本古来の美を現代的な展示空間へと見事に昇華させました。ハイブランドの旗艦店やプライベートレジデンスなど、新素材研究所が手掛ける建築は「時間を超越した贅沢」を体現する唯一無二の空間として高い評価を集めています。
