多くの製作者が直面する最大の壁が「等高線を積み重ねるうちに、頂上付近で位置が数ミリから数センチもズレてしまう現象」です。このコンタ模型がズレる決定的な理由を物理的・作業構造的に紐解くと、主に3つの明確な原因が存在します。
第1に、基準点（レジスタマーク・トンボ）を設定せず、目分量や等高線の輪郭エッジだけで位置決めをしている点です。等高線は有機的な曲線を描くため、1層ごとに0.5ミリのズレが生じただけでも、20層積み上がれば10ミリの致命的な狂いへと蓄積します。第2に、接着剤の選定ミスによる部材の収縮・反りです。水分の多い接着剤を使用すると、スチレンボードの表面紙が水分を吸って伸び、乾燥とともに急激に収縮してボード全体を弓なりに変形させます。第3に、切り出し線の内側・外側のカット誤差が層を重ねるごとに増幅することにあります。
このトラブルを根絶するためにプロが実践している積層手順の鉄則が、「ガイドピン方式（串刺し法）」と「矩形外枠固定法」です。図面の対角線上または敷地外の捨て部分に、あらかじめ直径1〜2ミリの穴（ピンホール）をCAD上で2箇所以上プロットしておきます。切り出した各層にこの穴を開け、竹串や虫ピンをガイド軸として通しながら下層から順に積み上げていくことで、水平方向のズレを完全にシャットアウトできます。
さらに、地形等高線模型の積層手順詳細まとめとして推奨される作業フローは以下の通りです。まず敷地の最下層（基準地盤面）を頑丈なベースボードに完全固定し、等高線の内側をくり抜く「中空積層」を採用する場合は補強リブを配置します。接着時は全体に均等な圧力をかけられるよう、平滑なアクリル板や木板を上に乗せ、文鎮などの重しを均等に配置して完全硬化を待つのが、平坦性を保つ絶対的なルールです。
