東京大学教授や国際基督教大学（ICU）教授、さらには東洋英和女学院大学学長などを歴任した村上氏は、日本の大学教育と研究環境の変革にも深く関わってきた。専門領域の細分化が進む現代のアカデミアにおいて、人文科学と自然科学を架け橋するリベラルアーツ教育の重要性を一貫して訴え続けた実績は大きい。
また、学術的知見を一般社会へ還元する高等教育・学術研究出版の現場においても、その影響力は際立っている。難解な科学思想を解読し、一般市民が議論に参加するための言葉を提供してきた著書群は、専門家と社会をつなぐメディアの役割を体現している。大学制度や学術出版が商業主義や効率優先主義に揺らぐ今、知的対話を支えるインフラとしての出版活動のあり方が再評価されている。
