なぜ光秀は主君を裏切ったのか。謀反の動機と死因の背景には、常に「黒幕説」が影を落としてきた。古くは光秀の単独怨恨説や保身説が支配的であったが、研究の進展とともに陰謀論の範囲は大きく広がった。
信長の苛烈な宗教・朝廷政策を危惧した「朝廷介入説」、追放された足利義昭が裏で糸を引いていたとする「室町幕府再興説」、さらには事件後に最も迅速かつ巨大な利益を得た豊臣秀吉の関与を疑う「秀吉黒幕説」まで、議論は絶えない。だが、近年の史料研究では、光秀自身の政治的危機感や四国政策を巡る信長との方針対立が直接的な引き金となった「光秀単独実行説」へと再び評価が戻りつつある。黒幕の存在を示唆する確実な書状は見つかっておらず、光秀が自らの政治的判断で決断を下したとする見方が強まっている。