抹茶を選ぶ最大の健康的利点は、茶葉に含まれる栄養素を「100％丸ごと」体内に取り込める点にある。急須で淹れた煎茶の場合、水に溶け出す栄養素は全体の約30％に過ぎず、残りの70％（食物繊維、ビタミンE、βカロテン、脂溶性成分）は茶殻として捨てられてしまう。
抹茶には、強力な抗酸化作用と脂肪燃焼サポート効果で知られるポリフェノールの一種「カテキン」（特にエピガロカテキンガレート）が豊富に含まれている。近年では、内臓脂肪の減少や認知機能の維持、食後血糖値の上昇抑制をうたった機能性表示食品の粉末緑茶・抹茶製品が続々と登場し、健康志向のユーザーから絶大な支持を得ている。公益社団法人日本茶業中央会の資料でも、茶葉全粒摂取による健康増進効果は広く啓発されている。
