本作を語る上で読者の間で常に議論となるのが、最終回とその結末です。一般的なストーリー漫画のような「すべての謎が解き明かされる大団円」を期待すると、本作のラストには良い意味で裏切られることになります。
ネタバレを含めてその結末を総括すると、物語はトニオちゃんの正体や出生の秘密を劇的に明かすことなく、最後まで「日常のひとコマ」として淡々と幕を閉じます。トニオちゃんがどこから来てどこへ行くのか、その答えは明示されません。しかし、最終話まで読み通した読者が感じるのは、奇妙な喪失感と、何気ない日常の尊さです。
不条理ギャグとしてスタートしながらも、物語の根底には常に乾いたペーソス（哀愁）が流れていました。結末においてトニオちゃんという異物が日常に残した爪痕は、読者の心に静かな余韻を刻み込みます。この潔い幕引きこそが、連載終了後も本作がカルト的人気を誇り続ける最大の理由です。
