青年会議所の活動は、本業を終えた夜間や週末に行われることが多く、事業後の「懇親会」や「打ち上げ」が頻繁に開催されます。この酒席を舞台にしたハラスメントや暴力行為も、度々社会問題化してきました。
上下関係を盾にした強引な飲酒の強要（アルコールハラスメント）や、後輩会員に対する威圧的な暴言・暴行が外部に告発され、警察の捜査対象となったケースがあります。トラブルが重大な事案に発展した場合、関与した会員には除名処分や会員資格の無期限停止といった厳罰が下されます。
過去には、会員の不祥事を受けて各地の理事長が記者会見を開き、深々と頭を下げて謝罪する事態も発生しました。先輩から後輩への過度なしごきや理不尽な要求を「JCの伝統」として正当化する悪習が、一部の地域組織に残っていたことが根本的な原因として指摘されています。
