舞台で磨き抜かれた存在感は、テレビドラマの世界でも遺憾なく発揮されました。藤木孝さんが出演したドラマは、時代劇から現代サスペンスまで多岐にわたります。
テレビ朝日系の国民的人気ドラマ『相棒』シリーズでは、物語の鍵を握る重厚な役どころで複数回ゲスト出演を果たしました。静かな語り口の中に狂気や冷徹さを潜ませた演技は、水谷豊さん演じる杉下右京との緊迫した心理戦を生み出し、シリーズ屈指の名エピソードとしてファンの記憶に刻まれています。
さらにNHK大河ドラマにおいても、『太平記』（1991年）、『新選組！』（2004年）、『篤姫』（2008年）など錚々たる作品に出演。『新選組！』では見廻組組頭・佐々木只三郎の叔父である幕臣・佐久間象山に関連する重臣役などを演じ、時代劇特有の所作や言葉遣いを見事に体現しました。TBS系ドラマ『逃亡者 おりん』をはじめとする時代劇での悪役や黒幕の演技は、視聴者に強烈なインパクトを残し、「悪役が巧い名脇役」としての評価を不動のものにしました。
