兵庫水軍のメンバー同士の人間関係相関図は、単なる職務上の同僚を超えた強固な家族愛で結ばれています。特にファンの間で高い支持を得ているのが、鬼蜘蛛丸・義丸・舳丸・重を中心とする関係性です。
鬼蜘蛛丸と義丸は同い年の25歳コンビ。陸酔いしてしまう鬼蜘蛛丸を義丸が軽口を叩きながら支え、合戦では背中を預け合う絶対的な信頼関係が存在します。義丸の鋭い戦闘センスと、鬼蜘蛛丸の的確な航海指揮は水軍の生命線です。
一方、舳丸と重の絆も極めて濃密です。過去に海で遭難しかけた経験や過酷な訓練を経て、舳丸は重にとって師であり実の兄のような存在となりました。重が舳丸の指示に絶対の忠誠を見せる姿は、過酷な海を生き抜く水軍ならではの情緒を感じさせます。
また、忍術学園との関係も見逃せません。戦災孤児である一年は組の摂津のきり丸にとって、兵庫水軍はアルバイト先であり第二の故郷のような温かい居場所となっています。乱太郎・きり丸・しんべヱの3人組が休暇中に水軍のアジトを訪れるエピソードは、日常の微笑ましさと海賊稼業のシビアさが絶妙なバランスで描かれます。
