台湾リスによる実害は、自然環境への負荷にとどまらず人々の生活インフラや農業へ直接及んでいます。特に深刻なのが、鋭い門歯で硬いものを削る習性に起因する被害です。
樹木の樹皮を激しく剥ぎ取る（剥皮被害）ため、スギやヒノキなどの林業樹木が枯死したり材木としての価値を失ったりします。さらに、柑橘類やトマト、トウモロコシなどを食い荒らすタイワンリスによる農業被害は農家にとって死活問題です。市街地では電話線や光ファイバーケーブル、電力ケーブルをかじり取って通信障害や停電、火災リスクを引き起こす事例が各地の自治体で報告されています。
直接的な健康リスクも見逃せません。「可愛いから」と手渡しで餌を与えようとして台湾リスに噛まれた場合の感染症の危険性は極めて重大です。野生動物の口腔内にはパスツレラ菌や破傷風菌をはじめとする多様な病原体が存在し、咬傷から重症化して蜂窩織炎（ほうかしきえん）や敗血症を引き起こす恐れがあります。また、体表に寄生するマダニを媒介とした重症熱性血小板減少症候群（SFTS）の感染経路となるリスクも指摘されており、絶対に直接触れてはなりません。
