後半、乃木のデスクの引き出しから発見された「緑の小箱」。この小箱に刻まれた16進数の暗号列が、視聴者の間で大きな話題を呼んでいる。
暗号を現代のセキュリティ規格でデコードすると、浮かび上がってきたのはある中央省庁の極秘プロジェクトIDだった。内閣情報調査室、いわゆる「内調」の内部に、別班の動きを完全に把握し、自国の国益すら売り渡そうとする内通者が存在する可能性が浮き彫りになったのだ。乃木が追い詰めていたのは、バルカのテロ組織だけではない。日本の中枢に潜む黒幕の存在こそが、第13話で明かされた真の敵であった。