初めて訪れる方が最も戸惑うのがアクセスと駐車場の利用方法です。自衛隊札幌病院は真駒内駐屯地の敷地内にありますが、一般外来の来院者が駐屯地のメインゲート（警衛所）で厳しい手荷物検査を受ける必要はありません。病院専用の進入路とゲートが明確に区分されており、案内看板に従って進めば直接病院エントランスおよび無料駐車場へアクセスできます。
公共交通機関を利用する場合、札幌市営地下鉄南北線「真駒内駅」から「じょうてつバス」または「中央バス」に乗車し、「自衛隊前」「南町4丁目」「真駒内駐屯地」近隣の指定バス停で下車、徒歩数分で到着します。真駒内駅からはタクシーでも約5〜7分程度の距離にあり、高齢者や体調不良時の来院にも無理のない立地です。
入院患者への現在の面会制限については、院内感染防止対策を徹底した上で段階的に緩和が進められています。現在は「面会可能時間（平日・休日の特定時間帯）」、「面会人数（家族・キーパーソン限定）」、「事前受付での検温・記帳」を設けた予約制または時間枠制が敷かれています。感染症の流行状況（インフルエンザや新型コロナ等）によって面会ルールが即座に更新されるため、面会を希望する家族は病棟への事前確認が不可欠です。
さらに、同院が力を入れているのが人間ドック・健康診断です。自衛隊員の過酷な任務を支える高度な健診ノウハウを一般向けに還元しており、日帰り人間ドックをはじめ、生活習慣病予防健診、各種がん検診、特定健診などを実施しています。公立病院と比較して予約が取りやすく、最新のCT・内視鏡検査を落ち着いた環境で受診できるため、南区周辺の住民や企業健診の選択肢として高い人気を博しています。
