自然科学が台頭する以前から、哲学の世界では神の存在証明を巡る哲学的な論理戦が繰り広げられてきました。代表的なものが、中世のトマス・アクィナスらによる「すべての原因の始まり（第一原因）としての神」を論じる宇宙論的論証です。
また、数学者であり哲学者でもあったブレーズ・パスカルが提唱した「パスカルの賭け」の理由は、極めてプラグマティックな視点を提供しています。「神が存在するか否かは論理では証明できない。しかし、神が存在することに賭けて信仰を持てば、当たった時の利益（無限の天国）は絶大であり、外れても失うものは少ない。逆に神を信じず存在した場合は無限の罰を受ける。したがって、神を信じる方に賭けるのが最も合理的である」という確率論的な論理です。
一方で、神の存在に対する最大の反論として立ちはだかるのが「悪の問題（なぜ神は悲劇を許すのか）」です。もし神が全知全能であり、かつ絶対的な善であるならば、なぜ世界には不条理な戦争、疫病、天災、そして幼い命が理不尽に奪われる悲劇が存在するのか。古代ギリシャのエピクロスから続くこの問いに対し、完全な論理的回答は得られていません。悲劇の存在は、慈悲深い絶対神の存在を否定する最も強固な根拠として今も横たわっています。
