仲本さんの私生活は、3度の結婚を経験するなど起伏に富んだものでした。最初の妻である紀子さんとは死別（1982年）、2人目の妻・美佐子さんとの間には1男2女をもうけましたが2004年に離婚。そして2012年、27歳年下の演歌歌手・三代純歌（みだい じゅんか）さんと3度目の結婚を発表し、大きな話題を呼びました。
二人は東京都目黒区緑が丘や自由が丘近辺で、居酒屋「仲本家 JUNKAの居酒屋」やカレー店などの飲食店を共同プロデュース・経営。店には連日多くのファンが集まり、仲本さん自身が厨房に立ったり、カウンターで気さくに客と乾杯したりするアットホームな空間として親しまれていました。
しかし逝去直前の2026年秋、一部週刊誌が「自宅兼店舗がゴミ屋敷化している」「妻が家を出て別居状態にある」といった衝撃的な記事を掲載。世間に大きな波紋を広げました。
報道各社の追跡取材や関係者の証言によると、実際には新店舗オープンに向けた機材の搬入や荷物の整理が重なっていた時期であり、また仲本さんが飼っていた複数のペットの世話を巡る生活スタイルのズレが生じていたことが背景にありました。三代純歌さん側も「完全な別居ではなく、仕事部屋と店舗の行き来があった」と釈明しています。過激な見出し先行のバズ報道が、高齢期における夫婦の生活調整の現実を過度にセンセーショナルに切り取ってしまった側面は否定できません。
