裁判では、犯行時の精神状態や刑事責任能力が最大の争点となりました。弁護側は精神疾患の影響による心神耗弱を主張しましたが、検察側は計画的な行動や犯行前後の合理的な判断力を理由に完全責任能力を主張しました。
2005年3月、京都地方裁判所は「児童の命を預かる教育現場の平穏を脅かし、教員に重傷を負わせた結果は重大。児童への無差別殺傷を狙った計画性は極めて悪質」と断罪。精神鑑定の結果を踏まえつつも完全責任能力を認め、求刑懲役18年に対し、懲役15年の実刑判決を言い渡しました。
被告側は控訴せず、そのまま判決は確定。木村束麿呂は刑務所に収監され、長い服役生活に入ることとなりました。
