国家公務員の給与は「一般職の職員の給与に関する法律」により規定されており、事務次官には「指定職俸給表」の最高ランクである「8号俸」が適用されます。指定職8号俸の月額基本給は117万5,000円（人事院勧告の改定水準に基づく目安）。これに勤務地に応じた手当や期末・勤勉手当（ボーナス）が加算され、最終的な年収が決定します。
霞が関の本省に勤務する場合、物価の高い東京都特別区に支給される「地域手当（基本給などの20％）」が上乗せされます。これだけで月額約23万5,000円が加わり、月々の総支給額は約140万円超に達します。
さらに注目すべきは期末手当・勤勉手当です。国家公務員のボーナス支給月数は年間約4.5ヶ月分前後で推移しており、指定職の役職加算がつくため、夏冬合計のボーナス支給額は約700万〜800万円に跳ね上がります。月給12ヶ月分とボーナス、本府省業務調整手当などを合算すると、事務次官の年収は額面で約2,300万〜2,500万円（手取りベースで約1,500万〜1,600万円）という計算になります。
なお、官庁街で「官庁の中の官庁」と呼ばれる財務省の財務事務次官の年収も、外務省の事務次官や警察庁長官などと同様に指定職8号俸が基本となるため、省庁ごとの基本年収に大きな優劣はありません。
